بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

ژنوم ارقام سیب
روابط ژنتیکی ارقام و پایه های سیب
بررسی تنوع ژنتیکی سیب
تنوع ژنتیکی سیب با نشانگر SSR
شناسایی مولکولی ارقام و پایه های سیب توسط نشانگر SSR
ارزیابی روابط ژنتیکی تنوع انواع سیب به کمک مارکر SSR
بررسی ژنوم ارقام سیب
بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها

رفتن به سایت اصلی

دانلود پایان نامه رشته کشاورزی

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

 

 

 

چکیده:

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است.  با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و  پایه های سیب کارایی بالایی دارد.

 

در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند.  پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب  DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند.

تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice  مبتنی بر UPGMA انجام گرفت.  دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند.  در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و  MM106 مشاهده گردید.با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01,02B1,CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد.  در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

 

 

 

 

کلمات کلیدی:

مارکر SSR

شناسایی مولکولی

ارقام و پایه های سیب

 

 

 

 

 

مقدمه   

مهمترین درختان میوه ای که در مناطق معتدله و سردسیری به صورت اهلی درآمده‌اند در خانواده گلسرخیان  قرار دارند مانند سیب، گلابی، آلوچه، گیلاس و….. .  سیب از نظر اقتصادی بیشترین اهمیت را در بین محصولات درختی مناطق معتدله و سردسیری دارد و تعداد زیادی از ارقام تجاری آن به دلیل گرده‌افشانی باز، تلاقی‌های كنترل شده و یا تلقیح موتاسیون سوماتیكی با ارقام سازگار، قابل استفاده در برنامه‌های اصلاحی اند. یك مشكل قابل توجه در صنعت سیب و فراورده های آن تعیین هویت ارقام آن می‌باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت ومیوه است. با توجه به اینكه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار  می گیرند، این روش، قابل اعتماد نیست. روش دیگر برای تعیین هویت ارقام استفاده از نشانگر می باشد. استفاده از نشانگرها در سطح مولكول DNA  دقیق ترین روش بررسی است که جزئیات بیشتری از ژنوم ارقام سیب را ارائه می‌دهد. ازجمله نشانگرهای معتبردر بررسی ژنوم سیب، نشانگر  SSRاست که به دلیل قابلیت تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث هم بارز، در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام سیب کارایی بالایی دارد. در این تحقیق با استفاده از نشانگرهای منتخب SSR تنوع ژنتیکی 29 رقم و پایه سیب و امکان دستیابی به نوارهای اختصاصی DNA در هر یک از ارقام و پایه ها مورد بررسی قرار گرفت.

 

 

 

 

فهرست مطالب

چکیده: 1

مقدمه 2

 

فصل اول:بررسی منابع و کلیات 3

1-1- تاریخچه و گسترش سیب در جهان 4

2-1- درخت سیب و خواص بتانیكی آن 5

3-1- فرآورده‌های سیب 6

4-1- خواص دارویی سیب 6

5-1- ارزش غذایی سیب 7

6-1- پایه‌های سیب 8

1-6-1-پایه‌های بذری 8

2-6-1- پایه‌های رویشی(غیر بذری) 9

1-2-6-1-پایه‌های مالینگ 9

2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون 10

3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی 11

7-1- زیست شناسی مولكولی 11

1-7-1- نشانگر 11

2-7-1- هدف از كاربرد نشانگر 11

3-7-1- انواع نشانگرهای ژنتیكی 12

1-3-7-1- نشانگرهای ریخت‌شناسی (مورفولوژیكی) 12

2-3-7-1- نشانگرهای سیتوژنتیكی 12

3-3-7-1- نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین 12

4-3-7-1- نشانگرهای مولكولی در سطح  DNA 13

5-3-7-1- انواع نشانگرهای DNA 14

الف) نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR

– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)  14

–  تعداد متفاوت ردیف‌های تكراری و ماهوارك‌ها (VNTR   & Minisatellites)  15

–  پویش ژنومی نشانه‌های هضم (RLGS)  15

ب) نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR 15

4-7-1- ردیف‌های تكراری 17

1-4-7-1- ماهواره‌ها 18

2-4-7-1- ماهوارك‌ها 18

3-4-7-1- ریز ماهواره‌ها (میكروستلایت‌ها یا SSR) 19

5-7-1- چگونگی ایجاد میكروستلایت‌ها 20

6-7-1- خصوصیات نشانگرهای SSR 20

7-7-1- كاربردهای نشانگرهای SSR 21

8-7-1- مزایای ریز ماهواره ها 21

9-7-1- معایب ریز ماهواره‌ها 22

10-7-1- اساس چند شكلی در جایگاههای ریزماهواره 23

1-10-7-1-  مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)  23

2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM) 24

8-1- واكنش زنجیره ای پلیمراز 24

1-8-1- اجزای واکنش PCR 24

1-1-8-1- آنزیم 24

2-1-8-1-مخلوط ذروكسی نوكلئوتید تری فسفات ( dNTPs ) 25

3-1-8-1-  DNA الگو 25

4-1-8-1-  آغازگرها 25

5-1-8-1- بافرها و كلرید منیزیوم 26

2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصی بودن واكنش PCR 26

1-2-8-1- غلظت مخلوط  PCR 26

2-2-8-1- دما 27

3-2-8-1- تعداد و طول سیكل 27

4-2-8-1- افزاینده های PCR 27

3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR 27

4-8-1- PCR  آشیانه ای 28

9-1- الكتروفورز ژل آگارز 28

10-1- الكترفورز ژل پلی آكریل آمید 29

11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR 29

 

فصل دوم مواد و روشها 31

1-2- مواد گیاهی 32

2-2- استخراج DNA 36

1-2-2- استخراجDNA به روش دلاپورتا 36

2-2-2- استخراج DNA به روش  CTAB 37

3-2- تعیین کیفیت نمونه های DNA 38

4-2- تعیین کمیت نمونه های DNA 39

5-2- PCR 39

1-5-2- اجزای واکنش  زنجیره‌ای پلیمراز 39

1-1-5-2- آغازگرها 39

2-1-5-2- آنزیم Taq DNA polymerase 40

3-1-5-2- بافر PCR 41

4-1-5-2- کلرید منیزیوم 41

5-1-5-2- dNTP 41

2-5-2- بهینه سازی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز 42

6-2- الكتروفورز فراورده های PCR 43

1-6-2- الكتروفورز افقی در ژل آگارز 43

2-6-2- الكتروفورز عمودی در ژل پلی آکریل آمید 43

1-2-6-2- تیمار شیشه‌ها 44

2-2-6-2- تزریق ژل 44

3-2-6-2- گرم نمودن ژل 45

4-2-6-2- واسرشته سازی محصولات PCR 45

3-6-2 رنگ آمیزی ژل 46

7-2- تجزیه و تحلیل داده ها 47

1-7-2- امتیازدهی باندها 47

2-7-2- تجزیه خوشه ای 48

3-7-2-تعیین اندازه باندها و الگوی نواربندی اختصاصی 48

 

فصل سوم نتیجه گیری و بحث 49

1-3- نتایج استخراج DNA 50

2-3- بهینه سازی دمای اتصال آغازگرها 52

3-3- بهینه سازی روش PCR 52

4-3- بررسی نهایی نتایج حاصل از PCR 52

5-3- بررسی چند شکلی های SSR 54

6-3- بررسی و تحلیل روابط خویشاوندی بین ارقام 57

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 60

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 61

1-7-3- تعیین آللهای اختصاصی 61

2-7-3- الگوی نواربندی اختصاصی در ارقام 61

8-3- بررسی میزان خویشاوندی بین پایه ها 64

9-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای پایه ها 65

1-9-3- تعیین آللهای اختصاصی 65

 

فصل چهارم:نتیجه گیری کلی و پیشنهادات 75

نتیجه گیری کلی 80

پیشنهادات 84

ضمائم 87

منابع و مآخذ: 90

 

 

  • پاورپوینت نقش دولت در توسعه اقتصادي

    پاورپوینت نقش دولت در توسعه اقتصادي کلمات کلیدی : پاورپوینت نقش دولت در توسعه اقتصادي نقش دولت در توسعه اقتصادي بررسی نقش دولت در توسعه اقتصادي تحقیق نقش دولت در توسعه اقتصادي اهم وظايف دولت در راستاي دستيابي به توسعه…

  • پرسشنامه محقق ساخته استراتژی های بلوغ سازمانی با روایی و پایایی

    پرسشنامه محقق ساخته استراتژی های بلوغ سازمانی با روایی و پایایی کلمات کلیدی : پرسشنامه بلوغ سازمانی پرسشنامه استاندارد بلوغ سازمانی پرسشنامه سنجش بلوغ سازمانی دانلود پرسشنامه بلوغ سازمانی پرسشنامه استراتژی های بلوغ سازمانی پرسشنامه استراتژی های بلوغ سازمانی محقق…

  • پرپوزال بررسی چالشها و راهکارهای امر به حجاب و نهی از بدحجابی

    پرپوزال بررسی چالشها و راهکارهای امر به حجاب و نهی از بدحجابی امر به معروف و نهی از منکر در مساله حجاب امر به معروف و نهی از منکر در مساله بی حجابی بررسی چالشهای امر به معروف و نهی…

  • پیشینه نظری و فصل دوم پایان نامه رضایت از زندگی زناشویی

    پیشینه نظری و فصل دوم پایان نامه رضایت از زندگی زناشویی کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه رضایت از زندگی زناشویی مبانی نظری رضایت از زندگی زناشویی پیشینه تحقیق رضایت از زندگی زناشویی پیشینه داخلی رضایت از زندگی زناشویی…

  • فصل دوم پایان نامه و پیشینه نظری تعارض سازمانی

    فصل دوم پایان نامه و پیشینه نظری تعارض سازمانی کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه تعارض سازمانی مبانی نظری تعارض سازمانی پیشینه تحقیق تعارض سازمانی پیشینه داخلی تعارض سازمانی پیشینه خارجی تعارض سازمانی پیشینه پژوهش تعارض سازمانی پیشینه نظری…

  • پاورپوینت محيط سياسي و قانوني در بازاريابي بين‌المللي (فصل چهارم کتاب بازاریابی بین المللی تألیف میرزا حسن حسینی)

    پاورپوینت محيط سياسي و قانوني در بازاريابي بين‌المللي (فصل چهارم کتاب بازاریابی بین المللی تألیف میرزا حسن حسینی) پاورپوینت محيط سياسي و قانوني در بازاريابي بين‌المللي ( فصل چهارم کتاب بازاریابی بین المللی تألیف دکتر میرزا حسن حسینی) پاورپوینت فصل…

  • مبانی نظری و پیشینه تحقیق مدیریت ارتباط با مشتری 5

    مبانی نظری و پیشینه تحقیق مدیریت ارتباط با مشتری 5 مبانی نظری مدیریت ارتباط با مشتری پیشینه مدیریت ارتباط با مشتری دانلود مبانی نظری مدیریت ارتباط با مشتری پیشینه تحقیق مدیریت ارتباط با مشتری ادبیات نظری مدیریت ارتباط با مشتری…

  • تاثیر اسکان مجدد بر کیفیت زندگی روستاهای آسیب دیده از سوانح طبیعی (مطالعه موردی: شهرك زنجیران و شهرك ایثار - استان فارس)

    تاثیر اسکان مجدد بر کیفیت زندگی روستاهای آسیب دیده از سوانح طبیعی (مطالعه موردی: شهرك زنجیران و شهرك ایثار - استان فارس) اسکان مجدد کیفیت زندگی کیفیت زندگی روستاهای آسیب دیده روستاهای آسیب دیده از سوانح طبیعی تاثیر اسکان مجدد…

  • چارچوب نظری و پیشینه پژوهش ارتباط خودکنترلی و بهزیستی روانشناختی

    چارچوب نظری و پیشینه پژوهش ارتباط خودکنترلی و بهزیستی روانشناختی مبانی نظری خودکنترلی دانلود مبانی نظری ارتباط خودکنترلی پیشینه ارتباط خودکنترلی پیشینه تحقیق خودکنترلی فصل دوم پایان نامه ارتباط خودکنترلی مبانی نظری بهزیستی روان شناختی پیشینه بهزیستی روان شناختی فصل…

  • مبانی نظری و پیشینه تحقیق پیاده سازی سیستم های سازمانی 97 صفحه

    مبانی نظری و پیشینه تحقیق پیاده سازی سیستم های سازمانی 97 صفحه کلمات کلیدی : مبانی نظری پیاده سازی سیستم های سازمانی دانلود مبانی نظری پیاده سازی سیستم های سازمانی پیشینه تحقیق پیاده سازی سیستم های سازمانی ادبیات نظری پیاده…

  • مبانی نظری و پیشینه تحقیق هزینه یابی بر مبنای فعالیت 75 صفحه

    مبانی نظری و پیشینه تحقیق هزینه یابی بر مبنای فعالیت 75 صفحه کلمات کلیدی : مبانی نظری ABC پیشینه تحقیق ABC مبانی نظری هزینه یابی بر مبنای فعالیت پیشینه تحقیق هزینه یابی بر مبنای فعالیت فصل دوم پایان نامه هزینه…

  • گزارش کارآموزی رشته برق و الکترونیک با عنوان برق

    گزارش کارآموزی رشته برق و الکترونیک با عنوان برق تاریخچه برق صنعت برق تا بیش از تاسیس وزارت آب و برق صنعت برق در برنامه های عمرانی كشور مراحل ساخت ماشین سیم و كابل سازی شکل گیری برق در شهرستانها…

  • بررسی انحلال نکاح و موجبات آن

    بررسی انحلال نکاح و موجبات آن انحلال نکاح موجبات انحلال نکاح موجبات انحلال نکاح دائم موجبات انحلال نکاح منقطع تحقیق در مورد انحلال نکاح تحقیق در مورد موجبات انحلال نکاح رفتن به سایت اصلی انحلال نکاح به معنای قطع رابطه‌‌ی…

  • پرسشنامه تبیین الگوی اخلاق حرفه ای مدیران آموزشی با رویکرد اسلامی ایرانی

    پرسشنامه تبیین الگوی اخلاق حرفه ای مدیران آموزشی با رویکرد اسلامی ایرانی پرسشنامه اخلاق حرفه اي پرسشنامه اخلاق حرفه ای کادوزیر پرسشنامه اخلاق حرفه ای مدیران پرسشنامه اخلاق حرفه ای پرسشنامه استاندارد اخلاق حرفه ای مدیران پرسشنامه استاندارد اخلاق حرفه…

  • ماهیت و مزایا انواع برند و بررسی جایگاه برند در محصول

    ماهیت و مزایا انواع برند و بررسی جایگاه برند در محصول کلمات کلیدی : پایان نامه برند پایان نامه مدیریت برند وظایف مدیریت برند نحوه شکل گیری برند رویکردهای مدیریت برند جايگاه‌ برند در جهان امروز جایگاه مدیریت برند در…

  • پاورپوینت فصل هشتم کتاب مبانی مدیریت رابینز و دی سنزو ترجمه اعرابی با موضوع رهبري و سرپرستي

    پاورپوینت فصل هشتم کتاب مبانی مدیریت رابینز و دی سنزو ترجمه اعرابی با موضوع رهبري و سرپرستي دانلود پاورپوینت فصل هشتم کتاب مبانی مدیریت رابینز و دی سنزو ترجمه اعرابی با موضوعرهبري و سرپرستي دانلود رایگان پاورپوینت رهبري و سرپرستي…

  • پروپوزال پیش بینی قیمت طلا با داده کاوی

    پروپوزال پیش بینی قیمت طلا با داده کاوی کلمات کلیدی : پروپوزال داده کاوی پروپوزال آماده داده کاوی دانلود پروپوزال داده کاوی پیش بینی قیمت طلا با داده کاوی پروپوزال پیش بینی طلا با داده کاوی پروپوزال داده کاوی در…

  • پاورپوینت تصميم گيري در مسائل مالي با تأکید بر ابزارهای مهندسي مالي

    پاورپوینت تصميم گيري در مسائل مالي با تأکید بر ابزارهای مهندسي مالي پاورپوینت تصميم گيري در مسائل مالي با تأکید بر ابزارهای مهندسي مالي پاورپوینت ابزارهای مهندسي مالي اوراق مشتقه قرارداد فيوچرز(آتي) قرارداد فوروارد قراردادهاي سلف قراردادهاي استصناع قراردادهاي معاوضه…

  • پاورپوینت آژانس چند جانبه تضمین سرمایه گذاری (Miga)

    پاورپوینت آژانس چند جانبه تضمین سرمایه گذاری (Miga) کلمات کلیدی : پاورپوینت آژانس چند جانبه تضمین سرمایه گذاری آژانس چند جانبه تضمین سرمایه گذاری آژانس چند جانبه تضمین سرمایه گذاری(Miga) تحقیق آژانس چند جانبه تضمین سرمایه گذاری(Miga) مقاله آژانس چند…

  • بررسی پدیده جهانی شدن در عرصه‌ آموزش و پرورش در عصر اطلاعات

    بررسی پدیده جهانی شدن در عرصه‌ آموزش و پرورش در عصر اطلاعات جهانی شدن عصر اطلاعات آموزش و پرورش جهانی شدن آموزش و پرورش دانلود مقاله کارشناسی ارشد تکنولوژی آموزشی بررسی پدیده جهانی شدن در عرصه‌ آموزش و پرورش در…

  • شناسایی عوامل کلیدی موفقیت در پیاده سازی سیستم های اطلاعاتی اجرایی در شركت صنایع تجهیزاتی نفت

    شناسایی عوامل کلیدی موفقیت در پیاده سازی سیستم های اطلاعاتی اجرایی در شركت صنایع تجهیزاتی نفت سیستم اطلاعات اجرایی پیاده سازی سیستم های اطلاعاتی اجرایی پیاده سازی سیستم های اطلاعاتی اجرایی در شركت نفت عوامل موفقیت در پیاده سازی سیستم…

  • مبانی نظری و پیشینه تحقیق رضایت شغلی 6

    مبانی نظری و پیشینه تحقیق رضایت شغلی 6 مبانی نظری رضایت شغلی ادبیات نظری رضایت شغلی چارچوب نظری رضایت شغلی فصل دوم پایان نامه رضایت شغلی دانلود مبانی نظری رضایت شغلی پیشینه رضایت شغلی پیشینه تحقیق رضایت شغلی پیشینه داخلی…

  • بررسی روند ورود و خروج کالا در انبار

    بررسی روند ورود و خروج کالا در انبار انبارداری در کارخانه اصول مدیریت انبار در کارخانجات اصول انبارداری در کارخانجات اصول انبارداری و مدیریت در کارخانجات دانلود پایان نامه انبارداری دانلود پایان نامه انبارداری در کارخانه دانلود پایان نامه رشته…

  • پایان نامه کارشناسی مدیریت برنامه ریزی و روانشناسی با عنوان خلاقیت

    پایان نامه کارشناسی مدیریت برنامه ریزی و روانشناسی با عنوان خلاقیت خلاقیت افراد خلاق اعتماد به نفس دانلود پایان نامه کارشناسی مدیریت برنامه ریزی و روانشناسی با عنوان خلاقیت سیستم همکاری در فروش فایل فایلینا همکاری در فروش فروش فایل…

  • ارزیابی عملکرد از دیدگاه های مختلف و بررسی الگوی ارزیابی عملکرد در سازمانهای دولتی

    ارزیابی عملکرد از دیدگاه های مختلف و بررسی الگوی ارزیابی عملکرد در سازمانهای دولتی معیارهای ارزیابی عملکرد شاخص های ارزیابی عملکرد ارزیابی عملکرد سازمانهای دولتی ارزشیابی عملکرد دولت و سازمانهای دولتی ارزیابی عملکرد از دیدگاه اسلام الگوی اعتبار سنجی جهت…